Apesar do ecossistema antártico ter sofrido perturbações ambientais no passado, provocadas pela pesca comercial e caça a baleias e focas, atualmente o ecossistema e a biota terrestre da Antártica são as estruturas menos modificadas, sob o ponto de vista ambiental, de toda a superfície da Terra.

Os ecossistemas terrestres antárticos são caracterizados pela descontinuidade, condições ambientais inóspitas, baixa diversidade específica e taxas de crescimento muito lentas; são frágeis, no sentido de que possuem pouca capacidade de absorver mudanças sem que sejam profundamente alterados. Os ecossistemas marinhos, por sua vez, são contínuos, apresentando condições ambientais menos extremas e diversidade específica bem maior do que o Continente.

O Protocolo ao Tratado da Antártica sobre Proteção ao Meio Ambiente (Protocolo de Madri) estabeleceu diversos procedimentos a serem seguidos na execução de pesquisas científicas e no apoio logístico às estações antárticas, visando a proteção da flora e fauna da região. Impõe, também, rigorosas regras e limitações à eliminação de resíduos e medidas preventivas contra a poluição marinha. Requer, ainda, a aplicação de procedimentos para a avaliação do impacto ambiental das atividades desenvolvidas na região, inclusive aquelas não-governamentais.

Brasil tem adaptado suas atividades às regulamentações do Protocolo de Madri, estando na vanguarda dos fatos, pelo exemplar manejo ambiental na EACF, que inclui o tratamento de dejetos e a retirada de todo o lixo produzido, e por ter apresentado, em conjunto com a Polônia, a proposta que considera a Baía do Almirantado, onde se localiza a EACF, a primeira Área Antártica Especialmente Gerenciada (AAEG).

O propósito da AAEG é assegurar o planejamento e coordenação das atividades em uma área específica, reduzindo possíveis interferências e promovendo a cooperação entre as Partes Consultivas, minimizando o impacto ambiental. A AAEG da Baía do Almirantado abrange uma área aproximada de 370 Km2, compreendendo as Estações de Arctowski (Polônia), Ferraz (Brasil), Machu Picchu (Peru) e o Refúgio da República do Equador (Equador) e Pieter J. Lenie (USA).